剛出生新生兒，許多器官都還在發育中，包含呼吸、神經、免疫、消化系統等，因為剪斷了臍帶之後，來自媽媽的營養供應也跟著中斷，於是必須靠自己的消化系統也就是腸胃道來消化食物得到所需的營養。

由於新生兒的胃腸道發育尚未成熟，消化液分泌較不足，免疫球蛋白分泌極低，加上新生兒的胃腸道黏膜對於完整蛋白質的通透性比成人大腸壁穿透性較高，

這些因素造成愈早接觸牛奶蛋白愈容易過敏。因此在新生兒時期發生過敏性胃腸炎的機會比成人更為普遍。

食物過敏的主要症狀以腸胃道的症狀為主。新生兒對牛奶過敏最先出現的症狀包括腹瀉、噁心及嘔吐，通常父母親會對腹瀉較為敏感，但是嘔吐則反而容易疏忽。所謂腹瀉，稀便之外，也包括一天解便的次數，但是次數通常不會超過五次。

如果新生兒喝下牛奶不久後便出現上述的症狀，可以解釋為因牛奶引起的過敏。

某些症狀嚴重的新生兒，甚至會出現血絲及黏液便等症狀 。
        

母奶除了適合新生兒消化吸收的蛋白之外，還有許多免疫蛋白和各種消化酵素，還可以預防過敏及增強免疫力，這是經過許多文獻證實。但不是每個媽媽都有辦法給予寶寶足夠的母奶，例如: 胸部開過刀、正在服用特殊藥物、工作壓力或是本身母奶分泌較不足等；這時候可能就必須尋求其他母乳替代品的幫忙，也就是配方奶粉。

現在配方奶粉製作技術進步，除了免疫球蛋白等一些特殊成分可能無法添加外，其他的電解質、維生素及各種營養物質幾乎都可以做到非常逼近真正的母奶，

因此吃配方奶粉的新生兒也可以順利健康長大。

一般配方奶粉會引起過敏的原因，都是來自於牛或羊的奶等異於人類的蛋白質，容易引起新生兒尚未發育完全的腸胃道的過敏反應，例如: 腹脹、嘔吐、便秘、血便、腸絞痛等症狀，新生兒皮膚則是另一個容易出現症狀的部位，主要的症狀以皮膚瘙癢、異位性皮膚炎、蕁麻疹等過敏症狀。

如果您家的新生兒在幾個月大時逐漸出現皮膚的過敏症狀，而且家中其他成員又有著明顯的過敏疾病史，則建議應該作進一步的檢查。

一般建議，新生兒應該以母奶為主要營養來源，而無法餵食母乳的新生兒，且家族有過敏體質或是已經證實對牛奶蛋白過敏的新生兒，則應該優先以水解蛋白奶粉來當做營養來源。但請先諮詢小兒科醫師後再進行配方奶粉的調整。

新生兒會產生過敏原因，大都是蛋白質的成分，才會誘發過敏，為了改善新生兒過敏症狀，已經有許多醫學文獻證實，水解蛋白奶粉可以有效減少新生兒因為使用一般配方奶粉導致腸胃不適，甚至可以預防其他過敏疾病如異位性皮膚炎發生的機會。經過臨床實驗證實，新生兒喝部分水解配方奶粉，在第一年就可以看出對異位性皮膚炎的保護力成效。

水解蛋白，是運用熱加工或酵素水解的技術，改變蛋白質的排列組合與立體結構，將牛奶的大分子蛋白質，分解成小分子的蛋白質，因為已經不是原本牛奶蛋白質的結構，進入新生兒腸胃道內後，可以大幅降低牛奶蛋白的致敏性，讓蛋白質變的更適合新生兒的腸胃道免疫系統，更好消化吸收。

常常聽到有人說，水解蛋白營養不足，長期吃會導致營養不良，這是錯誤的觀念。

水解就是把可能會過敏的蛋白大分子把它裂解成小分子，並不是抽離部分的氨基酸，或抽掉部分的蛋白質，所以其總體營養價值並沒有流失變少。水解就好像把大塊牛排切成小塊，部分水解就是把它切成肉塊，完全水解就是把它切成肉屑。

水解蛋白嬰兒奶粉主要的原理是將牛乳蛋白經過水解（Hydrolysis）或超濾法（Ultrafiltration）的處理，使達到降低引起過敏免疫的反應。一般認為，蛋白質水解到分子量小於1000個道爾頓(Dalton)就不太會成為過敏原，完全水解配方就是指奶中的蛋白質99%都被水解到小於1000個道爾頓。

水解蛋白嬰兒奶粉有兩種：部分的水解蛋白及高度水解蛋白

部分的水解蛋白嬰兒奶粉（Partial Protein Hydrolysate Formulas）:

蛋白質水解後，其蛋白的分子量大於3500道耳頓(3.5KDa)，適用於預防高發生率的新生嬰兒。
        

高度水解蛋白配方奶粉 (Extensively Hydrolyzed Formulas)：

蛋白質水解後，其蛋白的分子量小於1500道耳頓(1.5KDa)，一般都用作治療性飲食 (Therapeutic diet )來降低已經診斷是牛奶蛋白過敏 (Cow's Milk Allergy ) 的新生嬰兒。但缺點是價錢昂貴，口感不佳。

一般配方奶粉會引起過敏，改喝羊奶合適嗎?

國際知名醫學刊物以及歐洲過敏及臨床免疫期刊認為，羊奶與牛奶的Casein 的胺基酸序列仍有太多相似性 (Similarity )，會造成相互反應性 ( Cross Reactivity )。因此對於牛奶過敏的新生兒，絕大部份對羊奶也會過敏。甚至有的新生兒沒有牛奶蛋白過敏，卻會對羊奶過敏。因此並不是每一位對牛奶過敏的新生兒皆適合改喝羊奶。